Nakon što je Evropska zajednica priznala nezavisnost BiH 6. aprila 1992., JNA pokreće brutalnu agresiju širom zemlje. Izetbegović je tada imao 67 godina, nalazio se pred novim velikim izazovima i najburnijim životnim periodom.
Kao predsjednik Predsjedništva RBiH, nosio je teret i odgovornost vrhovnog komandanta. Insistirao je na poštivanju međunarodnih konvencija i ratnog prava, i posebno na zaštiti civilnog stanovništva i kulturnih i vjerskih objekata. Nastavio je učestvovati u pregovorima o miru; uprkos svim vojnim i političkim pritiscima i embargu na naoružanje, ostao je dosljedan principu slobode i opredjeljenju za cjelovitu Bosnu i Hercegovinu ‘u kojoj niko neće biti progonjen zbog vjere, nacije i političkog uvjerenja’.
Zahvaljujući njegovim principijelnim stavovima i hrabrom otporu bosanskih branitelja, Bosna i Hercegovina je stekla prijatelje i podršku i na Istoku i na Zapadu.
Rat je okončan usvajanjem “Okvirnog sporazuma za mir u BiH” u Daytonu (Ohio, SAD) u novembru 1995. godine. Nakon potpisivanja Sporazuma, Izetbegović je izjavio: “Ovo nije pravedan mir, ali je pravedniji od nastavka rata. U situaciji kakva jeste, u svijetu kakav jeste, bolji mir se nije mogao postići.”
O tome ko je i kakav je bio Alija Izetbegović ostaće zapamćena izjava Richarda Holbrookea, tvorca Dejtonskog sporazuma: “Da nije bilo Alije Izetbegovića, danas ne bi bilo ni Bosne i Hercegovine.“
"Alija Izetbegović bio je čovjek koji je svim svojim bićem, dušom i tijelom, mrzio samu ideju rata. Ali kada je došao trenutak da bude uvučen u rat zbog same agresije, zbog potrebe da spasi svoj narod, ne samo da je ušao u rat nego je izašao kao pobjednik. Ta ideja mudrog čovjeka, čovjeka od knjige, vjernika, koji je prisiljen ratovati i koji to čini uspješno, ispunjavajući svoju dužnost i koji pri tome još izlazi kao pobjednik je za mene jedna od najdirljivijih ideja općenito", izjavio je jednom prilikom francuski intelektualac Bernard Henry-Lévy.
Nakon prvih poslijeratnih višestranačkih izbora 1996. godine izabran je za člana, a potom i za predsjedavajućeg Predsjedništva BiH. Iste godine doživio je infarkt, oporavio se i nastavio raditi još četiri godine. Nakon deset godina obavljanja funkcije člana Predsjedništva BiH, iz zdravstvenih razloga, 2000. podnio je ostavku na mjesto člana Predsjedništva BiH.
Sumirajući svoj život zapisao je: „Kada bi mi bilo ponuđeno da još jednom živim, odbio bih. Ali, ako bih se morao ponovo roditi, izabrao bih svoj život.“
Bio je autor je većeg broja publicističkih radova i studija, te knjiga “Islam između istoka i zapada”, “Problemi islamskog preporoda” i “Islamska deklaracija”. Ove knjige prevedene su na nekoliko jezika i objavljene u više zemalja. Knjigu “Moj bijeg u slobodu” objevio je 1999. godine, a 2000. godine knjigu “Sjećanja” (autobiografski zapis). 2004. su objavljena sabrana djela Alije Izetbegovića u 10 tomova.
Dobitnik je niza priznanja i nagrada kao što su Nagrada Kralja Fejsala za služenje islamu, medalje Centra za demokratiju iz Vašingtona, a najuticajniji španski list, madridski “El-Mundo”, izabrao je Aliju Izetbegovića 1995. za ličnost godine u svijetu.
Istambulški Marmara univerzitet dodijelio mu je 1997. godine titulu počasnog doktora pravnih nauka za doprinos zaštiti ljudskih prava, uspostavu mira ali ikao uglednom pravniku. Na forumu u Kran Montani 1998. godine dobitnik je prestižne nagrade za unapređenje ljudskih prava.
Dobitnik je i odlikovanja Republike Hrvatske "Velered kraljice Jelene” (1995.), plakete Hrvatske akademije znanosti u umjetnosti (1996.), diplome počasnog doktora nauka Univerziteta u Tuzli i nagrade "Mislilac godine” Fondacije "Ali Osman Hafiz” iz Medine (1996.), državnog ordena Republike Turske (1997.), Šestoaprilske nagrade Grada Sarajeva (1997.), počasnog doktorata Univerziteta u Rijadu (1997.), "Ordena nezavisnosti”, odlikovanje države Katar (1998.), a 2001. godine proglašen je za islamska ličnost godine (nagrada Ujedinjenih Arapskih Emirata), te Povelje počasnog graditelja Starog mosta – spomenika mira” Centra za mir iz Mostara – 2019. (posthumno).
(Vijesti.ba)